داستان بازی Lightning Returns Final Fantasy XIII درباره ی یکی از شخصیت های محبوب این سری به نام لایتنینگ میباشد. در نسخه ی FFXIII-2 این سری شاهد حضور کمرنگ لایتنینگ بودیم اما قرار است در این نسخه به طور کامل با لایتنینگ به سوی یک ماجرای جذاب برویم، داستان بازی 500 سال بعد از اتفاقات FFXIII-2 میباشد. لایتنینگ که در انتهای نسخه ی FFXIII-2 به خواب عمیقی فرو رفته بود حال بعد از 500 سال و در این نسخه ی توسط خدای Bhunivelze از خواب طولانی مدت بیدار میشود. لایتنینگ متوجه میشود که در 13 روز آینده قرار است دنیا به پایان برسد و لایتنینگ انتخاب شده است تا از این واقعه ی هولناک و مرگبار جلوگیری کند، ما این تنها وظیفه ی لایتنینگ نیست بلکه در طول این ماموریت او باید روح Nova Chrysalia از دست دشمنان نجات بدهد و همچنین باعث تولد دوباره ی روح Serah بشود، شخصیت پردازی لایتنینگ زیاد با نسخه های قبلی تفاوتی ندارد اما به خاطر خواب طولانی مدت کمی چهره ی او تغییر کرده است.